Duarte nació el 26 de enero de
1813 en el Santo Domingo colonial (actual Ciudad Colonial) durante el periodo de la España Boba. Hijo de Juan José Duarte Rodríguez, un próspero
comerciante español procedente de Vejer
de la Frontera, Cádiz, España y Manuela Díez Jiménez, seibana hija de padre español y madre dominicana. Duarte fue el
cuarto de once hermanos, siendo los más conocidos Vicente Celestino, comerciante de madera y Rosa
Protomártir, quien se desempeñaba como periodista y
maestra; ambos tuvieron una activa participación en la causa de su hermano.
En 1802 los padres de Duarte,
emigraron desde la colonia española en
Santo Domingo a Mayagüez, Puerto
Rico, evadiendo la imposición del estado francés en
el lado oriental de la isla. Esta transformación de la parte colonial de la isla
se hizo evidente el año anterior, cuando Toussaint
Louverture, el gobernador de Saint
Domingue (actual Haití), una colonia francesa situada en el tercio occidental de La Española, tomó el control de Santo Domingo, situado en la parte
oriental de la misma. En ese momento, Francia y Saint Domingue estaban pasando por exhaustivos
movimientos sociales, es decir, la Revolución
Francesa y la Revolución
Haitiana. En la ocupación de la parte española de la
isla, el legendario gobernador negro Louverture, estaba siguiendo las
indicaciones otorgadas por los gobiernos de Francia y España en la Paz de Basilea, firmado en 1795, en el cual España le había cedido la
parte española a Francia.
A su llegada a Santo Domingo,
Louverture inmediatamente abolió la esclavitud, aunque la abolición se llevó a cabo completamente en
1822. Además, convirtió al francés las viejas instituciones coloniales
españolas. Puerto Rico seguía siendo una colonia española, y al estar Mayagüez
tan cerca de La Española, al otro lado del Canal
de la Mona, se había convertido en refugio para los
que como los Duarte, no aceptaban el gobierno francés. La mayoría de los
historiadores suponen que el primer hijo de los Duarte, Vicente Celestino,
nació allí en Mayagüez. La familia regresó a Santo Domingo en 1809, después de
que la Guerra de la
Reconquista devolviera el lado oriental de La Española al control
español.
En 1819, Duarte se inscribió en
la escuela del Prof. Manuel Aybar donde aprende lectura, escritura, gramática y
aritmética.
El 1 de diciembre de 1821 Duarte
tenía apenas ocho años cuando el escritor y político José Núñez de Cáceres declara la breve independencia del dominio español, y
cambió el nombre de la excolonia española a Haití
Español. El grupo selecto y privilegiado de las personas que él
representaba estaban cansados de ser ignorados por la Corona, y algunos estaban
preocupados también con el nuevo giro liberal en Madrid.
Su hazaña no fue un hecho aislado. La década de 1820 fue una época de profundos
cambios políticos en todo elMundo Atlántico español, que afectaba directamente la
vida de la pequeña
burguesía como Los Duarte. Comenzó con un conflicto desmoralizador
entre realistas y liberales en laPenínsula Ibérica, que hoy se conoce como la Guerra Civil Española,
1820-1823. Sin embargo, los eventos de emancipación
de 1821 en Santo Domingo fueron diferentes a las demás del continente, ya que
duró poco. Los historiadores hoy en día han llamado este breve episodio como la Independencia Efímera. Este suceso culminó con la casi inmediataocupación
haitiana del territorio dominicano por el
ejército del presidente haitiano Jean
Pierre Boyer el 9 de febrero de 1822. El gobierno provisional de Núñez
de Cáceres pidió el apoyo del nuevo gobierno republicano de Simón Bolívar, pero fue ignorado. A pesar de no ser consciente de lo que
estaba pasando en ese momento debido a su corta edad, en los años posteriores
Juan Pablo Duarte miró hacia atrás lleno de nostalgia, deseando que hubiera
durado.